Hantavirus : les enseignements d'une enquête de chercheurs internationaux

Paris (France) (AFP) – Plusieurs mois après l'épidémie de hantavirus sur le navire MV Hondius, qui a déclenché une alerte sanitaire mondiale au printemps, une étude internationale a approfondi les connaissances sur ce virus. Les résultats, publiés jeudi, montrent que le hantavirus n'a pas muté pour devenir plus transmissible et que sa propagation est restée limitée.

"Ce qui est inédit, c’est la combinaison du contexte de transmission avec la dispersion internationale de personnes exposées, ce qui a nécessité une coordination internationale des enquêtes épidémiologiques et génomiques", a déclaré à l'AFP Virginie Sauvage, responsable du Centre français de référence des hantavirus à l'Institut Pasteur et l'une des scientifiques impliquées dans cette recherche, parue dans la revue Science.

Au total, l'épisode de hantavirus, qui a commencé sur le navire néerlandais en avril, a été lié à 13 cas, dont trois ont été mortels. L'Organisation mondiale de la Santé (OMS) a officiellement déclaré l'épidémie close début juillet, aucun cas n'ayant été signalé depuis la fin mai.

Pour mieux comprendre le virus, des institutions de sept pays ont collaboré avec des chercheurs chiliens et argentins, notamment pour séquencer le génome du virus à partir d’échantillons prélevés sur dix passagers et membres d’équipage. Après avoir établi une sorte de carte d'identité moléculaire, les chercheurs ont déterminé qu'il s'agissait d'un hantavirus très proche des souches Andes qui circulent dans les régions endémiques du Chili et de l'Argentine.

En comparant les séquences génétiques des différents malades, les scientifiques ont pu examiner d'éventuelles mutations et étudier les liens entre les cas ainsi que le scénario de transmission à bord du navire. La validation croisée des données a permis de rejeter huit mutations génétiques qui semblaient apparentes, mais étaient en réalité dues à des facteurs techniques, soulignant l'importance de ce contrôle. Finalement, les génomes viraux analysés montrent une très faible diversité génétique.

Ces résultats renforcent l'hypothèse selon laquelle il s'agirait d'un événement unique de transmission du virus Andes depuis son réservoir animal vers le premier cas humain, suivi d’une transmission interhumaine très limitée à bord du navire, concluent les scientifiques. Aucune mutation connue associée à une transmissibilité ou à une virulence accrues du hantavirus Andes n’a été identifiée.

"Une seule mutation caractéristique de ce cluster a été trouvée, mais son impact potentiel reste inconnu", a précisé Sarah Temmam, responsable du Pôle de Génotypage des Pathogènes à l'Institut Pasteur. Bien que les données génétiques relient le virus à un lignage connu, elles ne révèlent pas comment le "patient zéro" a été contaminé. "Des incertitudes persistent quant au lieu et à la date de la contamination", ont ajouté Virginie Sauvage et Sarah Temmam.

Les chercheurs recommandent désormais d'effectuer un séquençage plus approfondi de l’hantavirus Andes chez les humains infectés ainsi que chez les rongeurs hôtes, en particulier dans les zones d'Argentine et du Chili où les premiers cas ont été signalés avant l'embarquement. Ils estiment également qu'il serait nécessaire de procéder à des analyses supplémentaires sur les anciens passagers et membres d'équipage pour mieux comprendre la transmission sur le MV Hondius, ainsi que pour évaluer la létalité et la virulence de la souche présente.

Dans tous les cas, Virginie Sauvage souligne que "le virus Andes ne présente pas, à ce jour, un potentiel pandémique comparable à celui du SARS-CoV-2", responsable du Covid-19, car il ne "possède pas les caractéristiques de transmission aéroportée efficace, permettant une diffusion rapide et à grande échelle entre les humains".

Au-delà de ces résultats, l'enquête met en lumière l'importance du séquençage génomique pour enrichir les connaissances sur les virus d'origine animale. La caractérisation rapide de l'hantavirus a également permis de "répondre aux inquiétudes du public et de contrer les spéculations concernant un virus +muté+ ou créé artificiellement", selon l'étude.

Les auteurs de l'étude soulignent la nécessité de partager les capacités de diagnostic, de séquençage et de partage rapide des données avec un maximum de partenaires internationaux, afin de réagir rapidement à l'avenir, peu importe l'endroit où un virus émergera. L'épidémie de hantavirus, tout comme celle d'Ebola, qui a causé plusieurs milliers de morts depuis mai, rappelle que "toute menace pathogène, où qu'elle se manifeste, peut devenir une menace pour tous", a souligné Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l'OMS, début novembre.